La Biblioteca Diocesana de Mallorca té el seu origen en la Real i Episcopal Biblioteca creada pel bisbe Juan Díaz de la Guerra el 1775. Aleshores, la nova biblioteca es va situar en una sala del Palau Episcopal. L’arxiduc Lluís Salvador, a Die Balearen, registra 5.069 volums impresos, dels quals 35 eren incunables, però sense comptar amb cap manuscrit.

Aquest fons va ser traslladat al nou edifici del Seminari, construït a les afores de Palma pel bisbe Joan Hervàs i Benet a principis dels anys 50 del segle XX, i es va unir amb el restant fons bibliogràfic de la Biblioteca del Seminari. El 3 d’octubre de 1972, Mons. Teodor Úbeda i Gramage, llavors bisbe administrador apostòlic de Mallorca, va crear la Biblioteca General Diocesana, tot encarregant-la al Rector del Seminari Diocesà. Més tard, el 31 de desembre de 2001, el mateix bisbe Úbeda va erigir la fundació pública eclesiàstica de la Biblioteca Diocesana de Mallorca, un organisme autònom regit per un patronat propi i un director com a responsable. Aleshores, el Dr. Manuel Bauçà Ochogavía es va encarregar del trasllat de tot el fons bibliogràfic des del Seminari Nou a la Casa de l’Església i va començar a unificar els fitxers. Així doncs, s’unificaren ―juntament amb donacions particulars― els fons bibliogràfics de les següents institucions eclesiàstiques mallorquines:

  • Centre d’Estudis Teològics de Mallorca
  • Col·legi de la Sapiència
  • Museu Diocesà
  • Seminari de Mallorca
  • Biblioteca Episcopal
  • Arxiu de la Cúria Diocesana
  • Museu de Ciències del Seminari de Mallorca
  • Museu Bíblic del Seminari de Mallorca

Des de finals de l’any 2020, la Biblioteca compta també amb el fons de la Maioricensis Schola Lullistica, en el que destaquen els seus més de 400 títols de revistes científiques.

La nova biblioteca va ser inaugurada pel cardenal Jorge M. Mejía, bibliotecari i arxiver de la Santa Església Romana, el 21 de juny de 2002, essent primer director el Dr. Gabriel Seguí Trobat, MSSCC. El 2 d’octubre de 2018, el va succeir el Dr. Ricardo Mejía Fernández. Finalment,  dia 6 de novembre de 2020 el bisbe de Mallorca, Mons. Sebastià Taltavull i Anglada, nomenà l’actual director, el Dr. Jaume Mercant Simó.

La Biblioteca Diocesana està al servei de tota la societat illenca amb l’ajut d’altres institucions, en especial del Consell de Mallorca i de la Universitat de les Illes Balears. Es tracta d’una biblioteca especialitzada, amb un dels fons lul·lians més importants del món, i que compta amb obres des del segle XIV fins a l’actualitat, de matèries filosòfiques, teològiques, jurídiques, històriques i filològiques. La Biblioteca Diocesana, tot oferint els seus serveis als universitaris i alumnes del CETEM i l’ISUCIR, compta amb les col·leccions més nombroses de les Illes Balears en la seva especialitat bibliogràfica.